از 1800 به بعد، با ورود ميسيونرهاي خارجي به ايران، علاقه به شناسايي مکانهاي ذکر شده در کتاب مقدس و نويسندگان کلاسيک گسترش يافت. در نيمه اول قرن نوزدهم، تلاش براي توصيف و تهيه طرح از آثار قديمي آغاز شد. در اواخر قرن نوزدهم، ايران با وجود حفظ استقلال خود، به منطقه حائل بين امپراطوريهاي انگليس و روسيه در آسيا تبديل شد. نفوذ اين دو کشور و حضور جاسوسهاي آنها در ايران امکان را براي توجه به آثار قديمي نيز فراهم کرد. در اوايل 1840s، بارون روسي بنام بوده و لايارد بريتانيايي در لرستان و خوزستان موفق به ثبت برخي از مکانهاي باستان شدند.


از 1836 - 1841، هنري سي. راولينسون کتيبه سه زبانه بيستون را کپي کرد و موفق شد بعدها آنرا کشف رمز و ترجمه کند، وي بر اساس ترجمه کتيبه هاي خط ميخي و ترجمه متون کلاسيک، براي اولين بار تاريخ ايران باستان (از ماد تا ساساني) را در کتاب هفت پادشاهي بزرگ شرق جهان باستان به جهانيان معرفي کرد.


در سال 1839 دو فرانسوي بنام فلاندن و کست براي چند سال به ايران سفر کردند.آنها ابتدا در ماه مه 1841 به اصفهان سفر کردند و سپس به همدان، کنگاور، بيستون، حلوان، و در نهايت شيراز، خليج فارس و بوشهر رفتند. مطالعات و طرحهاي تهيه شده توسط آنها زا اهميت زيادي در تاريخ باستان شناسي ايران برخوردار است. آنها در اين سفر مشاهدات مهمي خود درباره حکومت قاجار، آثار باستان شناسي، هنر، معماري، جغرافيا، جامعه شناسي و زندگي دربار، سلطنت و استانها، سازمان نظامي، و غيره را با دقت و همراه با طرحهاي زيادي ثبت کردند. اطلاعاتي درباره فواصل بين شهرها بصورت سواره (اسب) داده شده است.


علاقه شاه ناصر الدين شاه به آثار باستاني به تدريج فراتر از حفاري شد و او بفکر ساختن يک موزه در کاخ خود در تهران افتاد. شيندلر در سال 1875 نوشت که "شاهنشاه [شاه شاهان] به بعضي از خارجي ها مجوز حفاري تپه ها را داده است. اين جاي تأسف است که اين آثار باستاني بخارج از ايران مي رود. اين تصميم شاه مبني بر قرار دادن همه چيز مثل آجر و مهر و غيره در موزه شاهنشاهي امر خوبي است.


مرحله نخست: شکل گيري باستان شناسي در ايران (انحصار فرانسوي ها)


کاوشهاي منظم مکانهاي باستاني در اواخر قرن نوزدهم آغاز شد. همزمان بررسي هايي به هدف مطالعه تاريخ هنر و معماري کهن پارس انجام شد. معمار و مورخ فرانسوي مارسل ديولافوا Dieulafoy در سفرش به ايران در 1880 - 1881، با برخي از اصحاب نزديک ناصر الدين شاه ملاقات کرد. در سال 1901، انحصار کاوشهاي باستان شناسي ايران به فرانسوي ها تحت مديريت دمورگان اعطا شد. از آن زمان تا سال 1930، باستان شناسان فرانسوي تنها کاوشگران فعال در کشور بودند. کودتا در سال1921 آغاز مدرنيزاسيون ايران بود. عقدنامه ها و قرار دادهاي سياسي و پيمان هاي اقتصادي با روس ها، فرانسوي، انگليسي باطل شد. از جمله فعاليت هاي اداري جديد در ايران تصويب قانون عتيقيات توسط مجلس در 1928-1929، بود که باعث پايان سلطه فرانسه بر پژوهش باستان شناسي در ايران و تاسيس اداره کل عتيقيات در سال1930 بود.


مرحله دوم: گسترش فعاليتهاي باستان شناسي در ايران (کاوش باستان شناسان خارجي)


کاوشهاي منظم در پرسپوليس در سال 1931 توسط موسسه شرقشناسي از دانشگاه شيکاگو شروع و تا سال 1939 ادامه يافت. کاوش در ابتدا توسط ارنست هرتسفلد شروع و سپس توسط اشميت (1934-1939)ادامه يافت. پس از سال 1939، کاوشها توسط اداره باستان شناسي ايران تحت نظر آندره گدار، مستفوي و علي سامي ادامه يافت. از سال 1968 تا سال 1974، برنامه اکتشاف و مرمت توسط جوزپه و تيليا از موسسه شرقشناسي ايزومئو توسط ايتاليا پيگيري شد. با وجود فعاليت هاي مداوم باستان شناسان خارجي، باستان شناسي در ايران هنوز ناشناخته بود و تنها چند کارشناس ايراني در اين زمينه وجود دارد. از اين رو، ايراني ها فعاليت هاي اندکي در اين زمينه داشتند. شايان ذکر است که گروه اول دانشجويان باستان شناسي در ايران در سال 1941 از دانشگاه تهران فارغ التحصيل شد. تحقيقات مستقل محققان ايراني قبل از 1320 - 1934، تنها محدود بود به چند فعاليت از جمله حفاري هاي انجام شده توسط علي حاکمي در تپه حسنلو در دره سولدوز در غرب آذربايجان و مرمت و حفاري هاي تخت جمشيد در سال 1939 توسط عيسي بهنام و علي سامي.


پاسارگاد، پايتخت کورش بزرگ، بسيار پيشتر در قرن 18 و 19 مورد توجه مسافران آنزمان از جمله رابرت کرپوتر و ديولافوا قرار گرفته بود. هرتسفلد در سال 1905 از اين مکان بازديد کرد و در سال 1928 آنرا کاوش کرد. در سال 1955 علي سامي کاوش آنرا ادامه داد. حفاري بعدي بين سال 1961 و 1963 توسط ديويد استروناخ Stronach، مدير موسسه بريتانياي مطالعات ايران انجام شد.


مرحله سوم: شروع فعاليت گسترده باستان شناسان ايراني


در سال 1940، اولين گروه از دانشجويان باستان شناسي از گروه باستان شناسي دانشکده ادبيات در دانشگاه تهران فارغ التحصيل شدند. برخي از اين فارغ التحصيلان پس از آن در دانشگاه هاي معتبر در اروپا و ايالات متحده به تحصيل ادامه دادند. يکي از آنها عزت اله نگهبان بود که پس از بازگشت به ايران در گورستان سلطنتي مارليک در استان گيلان شروع به کاوش کرد. گنجينه هاي پر زرق و برق و عجيب طلا و نقره از مارليک باعث جلب توجه و علاقه مقامات ايراني به باستان شناسي شد و در نتيجه توجه خاصي به توسعه پژوهش باستان شناسي در مکانهاي باستاني و در دانشگاه داده شد. نگهبان موسسه باستان شناسي را در دانشگاه تهران تاسيس کرد. فارغ التحصيلان گروه باستان شناسي تحت نظر نگهبان مشغول به فعاليت در زمينه باستان شناسي در سراسر ايران شدند. برخي نيز توسط نگهبان براي کسب دکتراي و ساير مدارج بالاتر خارج از کشور خصوصا آمريکا رفتند. در سال 1957 نگهبان از بريدوود Braidwood دعوت کرد که براي انجام کاوش به ايران بيايد. حضور بريدوود و آغاز پروژه پيش از تاريخ وي در ايران باعث شد که مسيري جديد در بررسي دوره پيش از تاريخ ايران ايجاد شود . بريدوود علاوه بر بررسي منطقه کرمانشاه، کاوش هاي باستان شناسي در تپه نوسنگي سراب، آسياب وسيابيد، در نزديکي شهر کرمانشاه به عمل آورد.


از سال 1960 اداره کل باستان شناسي ايران، که جايگزين اداره عتيقيات قديم شده بود، تفاهم نامه هايي با دانشگاهها و مراکز مطالعاتي خارجي امضا کرد. با شروع رياست فيروز باقرزاده بر اين اداره، مجوزهاي بسياري براي کار ميداني باستان شناسي از جمله بررسي و کاوش صادر شد. برخي از اين مجوز براي پروژه هاي مشترک بودنداز جمله آنها پروژه مشترک چغا ميش در خوزستان.


مرحله چهارم: باستان شناسي ايران پس از انقلاب


با سرنگوني شاه ايران و وقايع پس از آن عملا فعاليت باستان شناسي در ايران متوقف شد. در سالهاي جنگ تنها کاوشهاي نجات بخشي محدودي انجام شد و بيشتر فعاليتها متمرکز بر نجات و حفاظت آثار در خطر بود. از دهه 1990s تحقيقات باستان شناسي در ايران مجددا جان تازه اي گرفت و از سال 2000 کاوشهاي مشترک ايراني و خارجي آغاز شد. پس از انقلاب سازمان ميراث فرهنگي، جايگزين سازمان ملي حفاظت از آثار باستاني ايران شد که هدف آن نظارت و اجراي برنامه بلند مدت تحقيق و حفاظت آثار بود. تحقيقات باستان شناسي نيز تحت نظر پژوهشکده باستان شناسي قرار گرفت.


هدف اصلي از تحقيقات باستان شناسي در ايران در فاصله سالهاي 1960 تا وقوع انقلاب اسلامي، درک فرهنگ هاي گذشته و ساز و کارهاي فرهنگي بود. در فاصله 1980 تا سال 2000، تنها باستان شناسان ايراني در ايران فعاليت داشتند؛ از آن پس، سازمان ميراث فرهنگي در چارچوب جديد پروژهاي به اصطلاح مشترک شروع به صدور مجوز خاص براي هياتهاي خارجي جهت تحقيقات باستان شناسي و حفاري در ايران کرد. اولين مطالعات مشترک توسط فرانسوي ها و ايتاليايي ها در مرودشت فارس و مسجد عتثق اصفهان انجام شد که بررسي ژئوفيزيکي و مرمت بودند. اولين پروژه مشترک کاوش هيات ايران و آلمان بود که به بررسي و کاوش در وشنوه و اريسمان در حوالي کاشان پرداخت. اين کار مشترک بزودي با ورود يک تيم ژاپني در سال 2003 ادامه يافت که شامل حفاري و بررسي در گيلان بود.